新井研究室は「タンパク質を見る、調べる、創る、使う研究室」であり、
タンパク質の構造や機能の理解を深め(「構造生物学」）、
有用な改変・融合・人工タンパク質を設計・開発・応用する
（「タンパク質工学」）研究を行っています。
・タンパク質を見る：主にX線結晶構造解析法を用いてタンパク質の立体構造を解明しています。
・タンパク質を調べる：様々な生化学的手法を用いてタンパク質の詳細な機能を調べています。
・タンパク質を創る：改変・融合・人工タンパク質をデザイン・創製する研究を行っています。
・タンパク質を使う：様々な有用タンパク質及び複合体を開発し、応用を目指す研究を行っています。
